La valutazione neuropsicologica si sviluppa in tre fasi: colloquio anamnestico, testing, restituzione. 

Durante il colloquio anamnestico sono raccolte importanti informazioni relative a sintomi e problematiche, si raccoglie un’anamnesi relativa alla storia medica, familiare e di sviluppo, si definiscono gli obiettivi della valutazione. E’ importante portare con sé l'eventuale refertazione medica. Il colloquio ha la durata di 1 ora circa.

La fase di testing prevede la somministrazione di test computerizzati o carta/matita, la risoluzione di problemi e la risposta a domande poste dall'esaminatore. Il tempo richiesto per completare la fase di testing varia da utente a utente e dipende dal tipo di problematiche da esaminare e dall'obiettivo della valutazione, ma generalmente occupa dalle 2 alle 4 ore. Spesso la fase di testing è divisa in 2 incontri al fine di evitare che l’affaticamento comprometta la prestazione da valutare. Poiché lo scopo della fase di testing è la stesura di un profilo neuropsicologico che rappresenti i reali punti di forza e debolezza, non è importante che l’utente risponda correttamente a tutte le domande, è importante invece che impegni al massimo le proprie capacità.

Se necessario, in alcuni casi anche i familiari possono essere invitati a compilare dei questionari, che possono aiutare a fornire un quadro clinico completo. Questo avviene sempre previo consenso dell’utente e nel rispetto delle norme deontologiche e di privacy.

Il colloquio di restituzione avviene approssimativamente 2 settimane dopo la conclusione del testing. Durante questo incontro sono discussi i risultati della valutazione e le indicazioni di intervento, descritti in una relazione che viene consegnata all'utente. Il colloquio ha generalmente una durata di 1 ora.